Les «taches aveugles» dans l'ADN peuvent dissimuler les gènes du cancer

Bien que la technologie de lecture de gènes soit avancée et sophistiquée, certaines parties de l’ADN ne lui conviennent pas parfaitement; Par exemple, il existe des zones répétitives d'ADN qui provoquent le «bégaiement» de la machine. Mais il existe un moyen d'examiner ces "angles morts" et de découvrir s'ils cachent des gènes du cancer.
Les chercheurs ont utilisé deux énormes bases de données sur les gènes du cancer afin de localiser les points aveugles de l’ADN pouvant contenir des gènes cancérigènes.

C'était la conclusion d'une nouvelle étude menée par des chercheurs de Cancer Research UK travaillant à l'Université de Manchester au Royaume-Uni, qui rapportent leurs conclusions dans la revue. Recherche contre le cancer.

L'équipe de recherche Andrew Hudson, chercheur clinique au Cancer Research UK Manchester Institute, explique que plus de 400 angles morts de l'ADN pourraient contenir des anomalies génétiques cancérigènes.

"Les gènes derrière le cancer sont comme une histoire. Bien que nous ayons pu lire la plupart du livre en utilisant la technologie de lecture de gènes, les limites de ces outils signifient que certaines pages sont manquantes."

"Ces pages ne sont peut-être pas importantes", ajoute-t-il, "mais nous nous demandons si elles pourraient avoir des répercussions importantes sur notre compréhension du cancer. La prochaine étape de notre travail sera de trouver un moyen d’ouvrir ces informations." zones pour aider à reconstituer l'histoire complète ".

L’équipe a comparé deux énormes bases de données sur les gènes du cancer

Pour rechercher les «pages manquantes», l’équipe a comparé deux bases de données de premier plan sur le séquençage du génome du cancer qui ont obtenu leurs informations à partir d’études de cellules cancéreuses en laboratoire et ont recoupé tous les gènes toute divergence.

Les deux bases de données utilisées sont le CCLE, l’Encyclopédie de la lignée cellulaire du cancer et le Catalogue COSMIC des mutations somatiques du cancer.

Ils écrivent comment leur analyse "a révélé des divergences marquées dans la détection des mutations faux-sens dans des lignées cellulaires identiques (conformité de 57,38%)", et ils notent que la principale raison de cet écart "est un séquençage inadéquat des zones riches en GC"

En d'autres termes, pour certaines régions de l'ADN, la séquence de codes donnée par les deux bases de données ne correspondait pas à plus de 40%, même si les informations provenaient de lignées cellulaires identiques. Les auteurs notent que ces disparités se sont produites dans des zones d'ADN riches en GC. GC représente la guanine et la cytosine, deux des quatre composantes de l'ADN.

De plus, en tant que "preuve de principe" pour montrer qu'il est utile d'examiner de plus près les angles morts des nouveaux conducteurs de cancer, l'équipe s'est concentrée sur une mutation nouvellement identifiée du gène PAK4. Ils ont montré que "le ciblage et le séquençage spécifiques" des angles morts riches en GC "peuvent conduire à l'identification de nouvelles mutations du conducteur dans les suppresseurs de tumeurs et les oncogènes connus".

Ils concluent que leur étude montre que, par recoupement entre bases de données génétiques de lignées cellulaires couramment utilisées, il est possible de découvrir de nouveaux moteurs du cancer en examinant les zones mal séquencées.

«Approfondir les origines génétiques du cancer» pour trouver des déclencheurs de maladies

Nell Barrie, directeur principal de l'information scientifique pour Cancer Research UK, a déclaré:

"En approfondissant les origines génétiques du cancer, nous pouvons identifier la manière dont la maladie est déclenchée et se développer. Cela pourrait nous aider à nous en occuper dès le départ, donnant à plus de patients cancéreux une chance de survivre à la maladie."

En octobre 2014, Nouvelles médicales aujourd'hui appris comment comprendre comment les cellules copient les chromosomes pour lutter contre le cancer. Une équipe de chercheurs a découvert que si un composant permettant de dérouler les brins d'ADN restait intact après la fin de la copie des chromosomes, il pourrait faire des ravages dans la division cellulaire, un déclencheur connu du cancer.