L'étude du gène Ebola retrace l'origine de l'épidémie actuelle

Une équipe de recherche internationale a rapidement séquencé 99 génomes du virus Ebola collectés lors de l'épidémie de 2014. L’équipe, dont des membres du Broad Institute et de l’Université Harvard aux États-Unis et du Ministère de la santé et de l’assainissement de Sierra Leone, espère que les résultats aideront les efforts multidisciplinaires et internationaux à comprendre l’épidémie sans précédent en Afrique de l’Ouest.

Les chercheurs rapportent leurs découvertes dans la revue Science. Cinq membres de l'équipe sont décédés des suites de la maladie à virus Ebola avant la publication du manuscrit et les autres auteurs honorent leur mémoire dans le rapport d'étude.

Les 99 génomes provenaient de 78 patients diagnostiqués avec la maladie à virus Ebola en Sierra Leone au cours des 24 premiers jours de l'épidémie. Certains patients ont donné plus d'un échantillon, ce qui a permis à l'équipe de voir l'évolution du virus au cours d'une infection unique.

Équipe élargi les données disponibles sur Ebola par quatre

Grâce à des techniques de séquençage approfondi, l’équipe a multiplié par quatre la quantité de données disponibles sur le virus Ebola. Les résultats montrent que les génomes du virus Ebola 2014 contiennent plus de 300 mutations qui les distinguent des précédentes épidémies.

L'équipe a également trouvé des indices pour suggérer que l'épidémie de 2014 a débuté à partir d'une seule introduction chez l'homme et s'est ensuite propagée parmi eux pendant plusieurs mois.

Selon Médecins Sans Frontières / MSF, les chauves-souris seraient l'hôte naturel du virus Ebola, apparu chez des humains lors d'épidémies simultanées à Nzara au Soudan et à Yambuku en République démocratique du Congo (RDC). 1976. L'épidémie en RDC s'est produite dans un village près de la rivière Ebola, d'où le nom du virus.

L'épidémie de 2014 est sans précédent, tant par sa taille que par le fait qu'elle est apparue dans plusieurs zones très peuplées d'Afrique de l'Ouest, et non dans des zones faiblement peuplées d'Afrique centrale, comme auparavant. Auparavant, l'épidémie la plus importante avait eu lieu en 1976 et avait signalé 318 cas. L'épidémie actuelle a fait état de plus de 2 000 cas depuis son apparition en Guinée, dont plus de 1 000 décès.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré que l'épidémie actuelle avait infecté 240 agents de santé en Guinée, au Libéria, au Nigeria et en Sierra Leone, et que plus de 120 d'entre eux étaient morts.

2014 Ebola a voyagé en Sierra Leone chez 12 personnes qui ont assisté aux funérailles en Guinée

La nouvelle étude montre que les souches d'Ebola de 2014 ont probablement un ancêtre commun lors de l'épidémie de 1976. Il suggère également que les souches de l’épidémie actuelle d’Afrique de l’Ouest se sont séparées de la version de l’Afrique centrale au cours des 10 dernières années et ont été amenées en Sierra Leone par 12 personnes qui ont assisté aux mêmes funérailles en Guinée.

Les mutations des souches d'Ebola en 2014 se situent principalement dans les gènes codant pour les protéines. Ce sont des informations importantes pour les chercheurs développant des tests de diagnostic qui doivent suivre l'évolution du virus. Dans cette optique, les chercheurs ont diffusé les séquences du génome à la communauté scientifique internationale avant de publier l’étude.

L'auteur co-senior Pardis Sabeti, professeur associé à l'université de Harvard et membre associé principal du Broad Institute, a déclaré:

"En rendant les données immédiatement disponibles à la communauté, nous espérons accélérer les efforts de réponse. Après avoir lancé notre premier lot de séquences Ebola en juin, certains des plus grands spécialistes mondiaux des épidémies nous ont contactés et beaucoup travaillent Les données."

L'étude présente un catalogue de 395 mutations, parmi lesquelles plus de 340 distinguent l'épidémie actuelle des précédentes, et plus de 50 ont eu lieu au cours de l'épidémie actuelle. L'équipe estime qu'ils servent de point de départ à d'autres recherches, comme l'explique le premier auteur, Stephen Gire, chercheur au laboratoire de Sabeti:

"Bien que nous ne sachions pas si ces différences sont liées à la gravité de l'épidémie actuelle, en partageant ces données avec la communauté des chercheurs, nous espérons accélérer notre compréhension de cette épidémie et soutenir les efforts mondiaux pour la contenir."

Les Instituts nationaux de la santé, le Département de la santé et des services sociaux, la Fondation nationale des sciences, le septième programme-cadre de l’Union européenne, la Banque mondiale et le Conseil pour la recherche sur l’environnement ont tous contribué à financer cette étude.

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