Caractéristiques des bactéries à l'origine de l'épidémie E. Coli en Europe révélées par l'analyse génomique

Une épidémie de E. coli l'infection a été détectée en Allemagne il y a environ deux semaines. Les autorités sanitaires disent que plus de 1500 personnes ont été infectées et 17 sont mortes jusqu'à présent. Les cas de E. coli des infections ont été signalées dans plusieurs autres pays européens, notamment au Royaume-Uni, aux Pays-Bas, en Suède, au Danemark, en France, en Norvège, en Espagne et en Suisse.
Les résultats des analyses effectuées par des scientifiques du BGI (Centre chinois de prévention et de contrôle des maladies), de l’Institut de microbiologie et d’épidémiologie, de l’Académie des sciences médicales et du Centre médical universitaire de Hambourg révèlent que cette infection E. coli souche.
Les scientifiques rapportent qu'ils viennent d'obtenir la séquence du génome de cette nouvelle E. coli souche. Leurs découvertes montrent que plusieurs gènes le rendent résistant aux traitements antibiotiques - il est multi-résistant et difficile à traiter.
Le centre médical universitaire de Hambourg-Eppendorf traite un nombre considérable de patients infectés du nord de l'Allemagne. BGI informe qu’elle assure la liaison et la coopération étroite avec ses collègues européens. Les efforts de BGI sont coordonnés par le boursier postdoctoral Liang Yang du Département de biologie des systèmes de l’Université technique du Danemark.
Les recherches du Dr Yang portent sur la pathogenèse bactérienne, la physiologie des biofilms, les interactions interspécifiques et l'évolution microbienne.
Dr. Liang Yang a dit:

"C’est une tâche passionnante de coordonner les recherches qui, espérons-le, aideront à résoudre cette épidémie. Nous avons choisi de contacter BGI pour ce projet car BGI jouit d’une très bonne réputation en Chine et a seulement quelques jours durant l'épidémie de SRAS en Asie. "

Les scientifiques de BGI disent utiliser l'analyse bioinformatique et le séquençage du génome "révéler les mécanismes de la pathogenèse à partir de l'ensemble du niveau génomique et cela aidera les chercheurs à contrôler la propagation de l'épidémie".
Après trois jours, en utilisant la plate-forme de séquençage de troisième génération de BGI, Ion Torrent a finalisé et publié le nouveau E. coli séquence du génome. L’analyse préliminaire montre qu’il s’agit d’une souche invasive et toxique particulièrement virulente de E. coli, avec des caractéristiques de saignement intestinal.
Dr. Liang a écrit:

"(Selon l'étude) ... l'isolement EHEC de cette épidémie est une souche de sérotype O104 E. coli et présente une similarité de séquence de 93% avec la souche séquencée d'EAEC 55989 E. coli isolée en République centrafricaine."

Ce E. coli Le sérotype n'a jamais provoqué d'épidémie ou d'épidémie, a ajouté Liang.
Selon l'analyse de la séquence du génome, cette souche pourrait provoquer une colite hémorragique et un syndrome hémolytique et urémique chez les patients. L'isolat de l'EHEC a acquis des îlots de pathogénicité provenant d'autres bactéries par transfert horizontal de gènes.

L'isolat d'EHEC porte des gènes de résistance aux aminosides, aux macrolides et aux antibiotiques bêta-lactamines, compromettant ainsi sérieusement l'efficacité du traitement antibiotique. Les scientifiques affirment qu'ils analyseront davantage l'intégrité des gènes de virulence, ainsi que leurs mécanismes de profil d'expression, de résistance aux médicaments et de transfert de gènes de virulence.
Source: Source: Dr. Liang Yang, BGI
BGI, autrefois appelé Institut de génomique de Beijiing, est la plus grande organisation génomique au monde. Il a été fondé en 1999.
Ecrit par Christian Nordqvist