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Le séquençage du génome du SARM pourrait aider à contrôler les éclosions
Une nouvelle étude montre que le séquençage du génome entier peut rapidement et précisément différencier les souches de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) de manière à ce que les méthodes de laboratoire actuelles ne puissent pas le faire.. Accélérer le redressement de ces informations vitales peut aider à contrôler les épidémies d'hospitalisation de la superbactérie, ont déclaré les chercheurs.
Les chercheurs ont séquencé des génomes d'échantillons de SARM provenant d'une véritable épidémie hospitalière et ont découvert qu'ils pouvaient distinguer avec précision des souches qui faisaient partie de l'épidémie de souches non plus rapides que les méthodes d'essais cliniques conventionnelles. Ils ont suggéré que si cela avait été fait, cela aurait pu aider le contrôle des infections et la prise en charge des patients et raccourcir la durée de l'épidémie, qui s'est produite dans une unité de soins intensifs néonatals.
Des scientifiques du Wellcome Trust Sanger Institute de l’Université de Cambridge au Royaume-Uni et d’Illumina, une entreprise mondiale qui commercialise des séquenceurs d’ADN, décrivent leurs conclusions dans un numéro en ligne du 14 juin. New England Journal of Medicine, NEJM.
Les principaux auteurs sont le Dr Sharon Peacock, professeur aux départements de médecine et de pathologie de l'Université de Cambridge, Dr Geoffrey Smith, directeur principal de la recherche à Illumina et Dr Julian Parkhill, du Wellcome Trust Sanger Institute.
Parkhill a déclaré à la presse:
"Distinguer entre les souches [SARM] est important pour la gestion du contrôle des infections."
"Une action rapide est essentielle pour contrôler une épidémie présumée, mais il est tout aussi important d'identifier les souches non apparentées pour empêcher les fermetures de salles inutiles et autres mesures de contrôle perturbatrices. Les soins de santé nécessitent des moyens plus efficaces il expliqua.
Peacock a déclaré qu'une "limitation importante de la méthodologie actuelle de lutte contre l'infection est que les méthodes de typage bactériennes disponibles ne permettent pas de distinguer différentes souches de SARM".
Elle a déclaré que l’équipe souhaitait savoir si le séquençage du génome entier du SARM pouvait distinguer les différentes souches au niveau du génome et si cette information pourrait être utile pour guider l’étude d’une épidémie.
L’équipe a choisi d’étudier une flambée récente qui avait déjà pris fin et de travailler à un rythme qui aurait été comme travailler en «temps réel» au cours de l’épidémie survenue dans l’unité néonatale d’un hôpital.
«En utilisant une technologie de séquençage rapide à haut débit avec un délai d'exécution cliniquement pertinent, nous avons séquencé rétrospectivement l'ADN de sept isolats associés à l'épidémie et sept autres isolats de SARM associés au transport de SARM ou de bactériémie dans le même hôpital.
En comparant des séquences d'ADN (polymorphismes mononucléotidiques, SNP) dans le génome central à un génome de référence, ils ont produit un arbre évolutif qui a révélé un "groupe distinct d’isolats d’éclosion et une séparation nette entre ceux-ci et les isolats non éclos".
L'équipe a également compilé un "résistome", essentiellement une liste de tous les gènes de SARM qui causent une résistance aux antibiotiques.. Un tel outil devrait aider les professionnels de la santé à identifier rapidement la résistance aux médicaments chez les souches de SARM, afin que chaque patient puisse recevoir le traitement le plus approprié. Il peut également aider à découvrir de nouveaux mécanismes de résistance aux médicaments.
Ils ont également créé un "toxome" de gènes de toxines capables d'identifier rapidement les souches présentes dans les souches de SARM.. À l'heure actuelle, ils ne peuvent être trouvés qu'avec de multiples analyses dans des laboratoires de référence. Le SARM produit des toxines uniques pouvant causer des maladies graves comme le choc septique, la pneumonie et les infections compliquées de la peau et des tissus mous.
En conclusion, l’équipe écrit:
"Le séquençage du génome entier peut fournir des données pertinentes sur le plan clinique dans un délai qui peut influer sur les soins aux patients. La nécessité d'une interprétation automatisée des données et la fourniture de rapports cliniquement significatifs constituent des obstacles à la mise en ?uvre clinique."
Smith a déclaré que l'étude montre "comment les progrès dans le séquençage du génome entier peuvent fournir des informations essentielles pour aider à lutter contre les épidémies dans les délais de traitement cliniquement pertinents."
Les techniques de séquençage ont progressé si rapidement et sont devenues si précises et complètes qu'elles peuvent répondre à une série de questions importantes pour le contrôle des infections hospitalières.
"Non seulement nous pouvions distinguer différentes souches de SARM à l'hôpital, mais nous avons également pu caractériser rapidement la résistance aux antibiotiques et les gènes de toxines présents dans les isolats cliniques", a déclaré M. Smith.
Parkhill a ajouté:
"Les méthodes cliniques actuelles permettant d'établir des liens entre des souches apparentées comparent le modèle de sensibilité bactérienne à un profil d'antibiotiques. Nous avons trouvé cette méthode inexacte. Nous avons identifié deux souches de SARM, qui semblaient être identiques en utilisant les méthodes actuelles, étaient génétiquement très différentes."
Les chercheurs proposent que le séquençage du génome entier soit un jour une caractéristique courante des soins de santé, et cette étude montre comment son utilisation en temps réel pourrait faire une différence significative dans la lutte contre le SARM et d'autres épidémies en milieu hospitalier.
Peacock a déclaré que la prochaine étape consistait à créer des outils interactifs permettant aux agents de santé d’interpréter automatiquement les séquences du génome. Ce n'est qu'alors que la méthode peut être déployée pour une utilisation dans les cliniques.
L'infection à SARM est un problème majeur de santé publique. Même s'il est traité avec succès, il peut doubler le temps moyen passé par les patients à l'hôpital, ce qui augmente les coûts des soins de santé.
Aux États-Unis, les estimations pour 2008 suggèrent que plus de 89 500 infections invasives à SARM ont été recensées cette année-là et que plus de 15 200 décès ont été liés à la superbactérie.
Écrit par Catharine Paddock PhD
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