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Un test sanguin simple et rapide pour les cancers solides semble réalisable

L’idée d’un test sanguin général, rapide et simple pour un large éventail de cancers se rapproche de la réalité avec l’annonce d’une nouvelle étude publiée dans Médecine de la nature.

Des chercheurs de la faculté de médecine de l'université de Stanford ont mis au point une méthode ultra-sensible pour trouver l'ADN des tumeurs cancéreuses dans le sang.

Des recherches antérieures ont déjà montré que l'ADN des tumeurs circulantes était prometteur en tant que biomarqueur du cancer, mais les méthodes existantes pour le détecter ne sont pas suffisamment sensibles et ne couvrent pas un large éventail de cancers.

Il existe des moyens d'augmenter la sensibilité et la couverture de ces tests, mais ceux-ci sont lourds et longs, et nécessitent de nombreuses étapes à personnaliser pour chaque patient, de sorte qu'ils ne peuvent pas être utilisés dans les cliniques.

La nouvelle approche promet de changer cela. Il est très sensible et spécifique et devrait être largement applicable à une gamme de cancers, affirment les chercheurs.

Leur nouveau test a identifié environ la moitié des patients atteints d'un cancer du poumon de stade 1 et tous les patients atteints d'une maladie de stade 2 ou plus. Ils ont également montré que l'ADN de la tumeur de la circulation était fortement corrélé au volume de la tumeur estimé à l'aide d'analyses TDM et TEP.

Cela suggère qu'une approche basée sur le nouveau test pourrait surveiller les tumeurs à une fraction du coût des méthodes actuelles qui reposent sur des études d'imagerie.

L'équipe a fait face à deux obstacles majeurs

En développant le test, ils ont rencontré deux obstacles majeurs, comme l'explique Maximilian Diehn, co-auteur principal et professeur adjoint de radio-oncologie:

"Premièrement, la technique doit être très sensible pour détecter les très petites quantités d'ADN tumoral présentes dans le sang. Deuxièmement, pour être utile sur le plan clinique, il est nécessaire de faire un test pour la majorité des patients atteints d'un cancer. . "

L'auteur principal adjoint, Ash Alizadeh, professeur adjoint de médecine, explique pourquoi ils sont intéressés par le développement d'un moyen général de détecter et de mesurer la charge de morbidité dans les cancers solides, et comment ils s'en rapprochent:

«Les cancers du sang, comme les leucémies, sont plus faciles à surveiller que les tumeurs solides grâce à un accès facile au sang. En développant une méthode générale de surveillance de l’ADN tumoral circulant, nous essayons de transformer des tumeurs solides en tumeurs liquides détectables et suivi plus facilement. "

Les cellules cancéreuses se divisent et meurent même sans traitement. Lorsqu'une cellule cancéreuse meurt, l'ADN contenu dans son noyau s'échappe dans la circulation sanguine. Ceci est présent en petites concentrations; Quelque chose comme 1 à 1 000 ou 10 000 bits d'ADN dans le sang peut provenir d'une cellule cancéreuse morte chez une personne atteinte d'un cancer.

Même chez les patients atteints d'un cancer avancé, la grande majorité de l'ADN circulant dans leur sang provient de cellules saines et normales.

Ainsi, un test permettant de surveiller rapidement et de manière non invasive les minuscules concentrations d'ADN des cellules cancéreuses serait très utile aux cliniciens qui doivent estimer la taille de la tumeur, son évolution dans le temps et surveiller la réponse du patient au traitement.

Un nouveau test renforce les méthodes existantes d'analyse de l'ADN


Les chercheurs ont mis au point un test ultra-sensible pour trouver l'ADN des tumeurs cancéreuses dans le sang.

L'équipe a trouvé un moyen d'y parvenir en renforçant les méthodes existantes d'extraction, de traitement et d'analyse de l'ADN. Ils ont appelé leur approche CAPP-Seq (qui est l'abréviation de Cancer Personalized Profiling par le séquençage profond).

La CAPP-Seq est suffisamment sensible pour détecter une molécule d'ADN tumoral parmi 10 000 molécules d'ADN provenant de cellules saines du sang.

Dans leur étude, ils ont testé le sang de patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules (ceci inclut la plupart des cancers du poumon, tels que les adénocarcinomes, les carcinomes épidermoïdes et les carcinomes à grandes cellules). Mais ils disent que l'approche devrait également fonctionner avec les cancers solides qui se produisent dans d'autres parties du corps.

Et bien qu'ils voient un jour le test utilisé pour suivre les progrès des tumeurs chez les patients déjà diagnostiqués avec un cancer, les chercheurs affirment qu'il pourrait également être utilisé comme outil de dépistage du cancer pour les populations saines et à risque.

Bien que le test soit décrit comme un test général de dépistage du cancer, il ne recherche en aucun cas un modèle d'ADN. Chaque cancer est génétiquement différent chez différents patients, mais certains groupes de mutations de l'ADN sont identiques chez les patients atteints du même cancer.

Le défi consistait donc à trouver quelles séquences d'ADN étaient les plus susceptibles d'indiquer la présence d'un cancer donné dans un large éventail de patients.

Le test recherche autant de mutations connues pour un cancer que possible

C'est pourquoi l'équipe a décidé d'adopter une approche basée sur la population. Dans des bases de données nationales contenant des séquences d'ADN de tumeurs provenant de milliers de patients, ils ont identifié les points de l'ADN du cancer qui diffèrent de ceux de l'ADN normal.

À partir de ces informations, ils ont pu compiler une empreinte digitale pour chaque type de cancer constitué de toutes les mutations d'ADN enregistrées, notamment des insertions ou des délétions de matériel génétique plus court, ainsi que des séquences d'ADN.

Mais si aucun patient n’aura toutes ces mutations, presque toutes auront au moins une d’entre elles. Cela permet de compiler un test qui recherche autant de mutations connues que possible pour un cancer donné. Mais il suffit de trouver l'un d'entre eux pour obtenir un résultat positif.

L'étape suivante de l'étude consistait à examiner le génome des 407 patients atteints d'un cancer du poumon non à petites cellules recrutés pour l'étude.

Alizadeh explique comment, en utilisant une approche appelée bioinformatique, ils ont recherché des régions du génome enrichies en mutations associées au cancer:

"Nous avons cherché quels gènes sont le plus souvent altérés, et nous avons utilisé des approches informatiques pour identifier ce que nous appelons l'architecture génétique du cancer.Cela nous a permis d'identifier la partie du génome qui serait la meilleure pour identifier et suivre la maladie. "

Ils ont identifié 139 gènes qui ne représentent que 0,004% du génome humain mais qui sont mutés de manière récurrente dans le cancer du poumon non à petites cellules.

"En ne séquençant que les régions du génome hautement enrichies en mutations cancéreuses, nous sommes en mesure de réduire les coûts et d’identifier plusieurs mutations par patient", explique le professeur Diehn.

D'autres approches ont tendance à rechercher des mutations uniques et bien connues qui surviennent fréquemment, mais pas nécessairement chez tous les patients, avec un cancer particulier. Parce qu’elle recherche plus d’une mutation, l’approche CAPP-Seq est plus sensible et offre aux chercheurs plus de souplesse dans la manière de suivre le cancer au fil du temps.

Le professeur Diehn explique qu’il n’existe actuellement aucun biomarqueur fiable pour le cancer du poumon, un cancer qui fait le plus de victimes. Il dit qu'ils sont "très enthousiasmés" par les résultats de l'étude car "un biomarqueur personnalisé et cliniquement utile pourrait révolutionner la manière dont nous détectons et gérons cette maladie dévastatrice".

L'équipe travaille maintenant sur les moyens de trouver rapidement des mutations spécifiques au patient et des méthodes pour supprimer le bruit de fond dans un échantillon afin de pouvoir identifier des quantités infimes d'ADN cancéreux.

CAPP-Seq peut également avoir des possibilités en tant qu'outil de pronostic

Les chercheurs affirment que CAPP-Seq pourrait également être un outil de pronostic. Lorsqu'ils ont testé un patient qui aurait été traité avec succès pour un cancer du poumon, ils ont trouvé de faibles niveaux d'ADN tumoral circulant. Le cancer est revenu chez ce patient et ils sont morts.

À l'inverse, les analyses d'un autre patient traité pour une maladie à un stade précoce ont montré une masse dont on pensait que la maladie était toujours présente. Mais CAPP-Seq n'a pas trouvé d'ADN tumoral en circulation dans le sang de ce patient et ils sont restés indemnes de la maladie pour le reste de la période d'étude.

Et chez un troisième patient, CAPP-Seq a trouvé une mutation qui rend le cancer du poumon non à petites cellules résistant au médicament couramment utilisé pour le traiter.

Le professeur Diehn dit que cela suggère une autre utilisation de l'approche - pour surveiller la progression de la tumeur et rechercher rapidement l'apparition d'une résistance au traitement, en donnant suffisamment de temps pour changer de traitement afin de cibler les cellules résistantes.

"Il est également possible d'utiliser CAPP-Seq pour identifier des sous-groupes de patients à un stade précoce qui pourraient bénéficier le plus d'un traitement supplémentaire après une chirurgie ou une radiothérapie, comme la chimiothérapie ou l'immunothérapie", ajoute-t-il.

Des fonds provenant d'un certain nombre de sources ont aidé à financer l'étude, notamment le ministère de la Défense et les instituts nationaux de la santé.

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