Un nouveau virus mortel découvert en Afrique

Un travail de détection génétique effectué par une équipe internationale a permis de découvrir un virus mortel jamais vu auparavant, qui a probablement provoqué une petite épidémie isolée de fièvre hémorragique aiguë en Afrique centrale au cours de l’été 2009.
L'épidémie, en République démocratique du Congo (RDC), a tué deux personnes et laissé une personne gravement malade. Les chercheurs ont donné à ce pathogène mortel le nom de virus Bas-Congo (BASV), d'après la province où vivaient les trois personnes.
Ils rapportent leurs travaux dans le numéro du 27 septembre du journal en ligne à accès libre. Pathogènes PLoS.
Les chercheurs faisaient partie d'un consortium international composé de l'Université de Californie à San Francisco (UCSF), de la société américaine Microbiota et d'autres institutions et organisations d'Amérique et d'Afrique.

La flambée de 2009

L’épidémie de fièvre hémorragique aiguë de 2009 a commencé quand un garçon de 15 ans du village de Mangala, dans le DCR, est tombé soudainement malade et a commencé à saigner du nez, des gencives et à vomir du sang. Il a empiré très vite et est mort trois jours plus tard.
Une semaine plus tard, une fillette de 13 ans, allée à la même école que le garçon, a commencé avec les mêmes symptômes, qui ont également empiré rapidement, et elle est également décédée dans les trois jours.
Puis, encore une semaine après la mort de la fille, un infirmier qui s’était occupé d’elle s’en était tiré avec les mêmes symptômes. Il a été transféré à l'hôpital et a survécu.
Le chef d’équipe de l’UCSF était Charles Chiu, professeur adjoint de médecine de laboratoire à l’UCSF et directeur du Abbott Viral Diagnostics and Discovery Center de l’université. Il dit dans un communiqué de presse:
"Il s’agit des trois seuls cas connus, mais il pourrait y avoir d’autres épidémies à l’avenir."

Le séquençage profond révèle BASV

Les tests initiaux de détection de virus connus sur des échantillons de sang prélevés sur le survivant n'ont rien révélé. Mais finalement, après que plus de membres du consortium se soient impliqués, d'autres tests génétiques ont permis de découvrir un tout nouveau virus.
Ces tests ont utilisé une nouvelle approche appelée "séquençage en profondeur" qui génère des millions de séquences d'ADN à partir d'un échantillon clinique, puis les suture ensemble à l'aide d'algorithmes informatiques et d'analyses humaines.

Chiu dit que le nouveau virus, BASV, est très différent des autres virus en Afrique connus pour être à l'origine d'épidémies mortelles de fièvre hémorragique aiguë telles que le virus Ebola, le virus Lassa et le virus de la fièvre hémorragique de Crimée et du Congo.

BASV ressemble plus à la rage

Génétiquement, BASV ressemble davantage aux virus de la rage, explique Chiu, qui causent un type d'infection différent, une maladie neurologique qui peut prendre des mois à se développer, mais qui tue invariablement.
Le virus appartient, comme la rage, à une famille appelée les rhabdovirus.
"BASV était présent dans le sang du seul survivant à une concentration de plus d'un million d'exemplaires par millilitre. Le génome de BASV, constitué de plus de 140 millions de lectures de séquences, révèle qu'il est très différent de tout autre rhabdovirus", écrivent les auteurs. .
Aucun autre rhabdovirus n'est connu pour provoquer la fièvre hémorragique aiguë, rapide et mortelle observée dans les trois cas au Congo. Par exemple, la rage peut être mortelle si elle n'est pas traitée, mais elle ne progresse pas de manière rapide et mortelle avec BASV.
Cependant, il existe un précédent: chez les poissons, où les rhabdovirus sont connus pour provoquer une septicémie hémorragique (hémorragie aiguë et mort).

Réservoir inconnu: Plus de travail à faire

Lorsque les chercheurs ont effectué un test d'anticorps sur l'homme qui a survécu et sur ceux qui sont entrés en contact avec lui, ils ont conclu que le virus pouvait se transmettre d'une personne à l'autre, un insecte ou un rongeur. Le "réservoir" probable et la manière dont le virus se propage sont toujours recherchés.
L'équipe de Chiu travaille toujours sur de nouvelles façons de diagnostiquer le nouveau virus afin que les responsables de la santé en Afrique centrale puissent l'identifier rapidement en cas de nouvelle épidémie.
Joseph Fair, co-auteur et vice-président de Metabiota, a déclaré:
"Les virus connus, tels qu'Ebola, le VIH et la grippe, ne représentent que la pointe de l'iceberg microbien."
"L’identification de virus inconnus, tels que le virus du Bas-Congo, nous donne une longueur d’avance dans la lutte contre les épidémies futures", ajoute-t-il.
Écrit par Catharine Paddock PhD