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Une étude génétique compile un catalogue de biomarqueurs pour plusieurs cancers
Les altérations génétiques dans différents types de cellules autour du corps provoquent des centaines de formes différentes de cancer. Les scientifiques commencent à compiler des catalogues de ces altérations génétiques, ou biomarqueurs, afin qu'ils puissent être utilisés pour diagnostiquer et mettre en scène plusieurs cancers à partir d'un simple échantillon de sang. Cependant, peu de ces biomarqueurs sont communs à de nombreux types de cancer.
En utilisant deux bases de données génétiques différentes, les chercheurs ont découvert plus de 120 biomarqueurs pan-cancéreux.
Maintenant, une nouvelle étude menée au Japon et en Australie et publiée dans Recherche contre le cancer a identifié un grand nombre de gènes "régulés à la hausse" dans de nombreux types de cancer. L'espoir est que cela conduira à des tests de biomarqueurs pour la détection précoce - et, par conséquent, un traitement rapide - du cancer.
Lorsqu'un gène est "régulé à la hausse" dans le cancer, cela signifie que le gène est plus fortement exprimé dans les cellules cancéreuses que dans les cellules saines. Un gène plus fortement exprimé a un effet plus fort - par exemple, si le gène code pour une protéine ou une enzyme, alors une plus grande partie de cette protéine ou de cette enzyme sera fabriquée.
Les chercheurs pensent que la force de leur étude vient du fait qu'ils ont utilisé deux technologies différentes pour trouver les biomarqueurs «pan-cancéreux».
Tout d'abord, ils ont utilisé des données dérivées à l'aide d'une technologie appelée analyse de l'expression génique (CAGE) dans le cadre du projet FANTOM. Ici, ils ont recherché des différences dans l'expression des gènes dans 225 lignées cellulaires cancéreuses et 339 cellules normales.
Ensuite, ils ont examiné les données de séquençage sur 4 055 tumeurs primaires et 563 tissus sains de la base de données du TCGA (Cancer Genome Atlas) et ont comparé les deux résultats pour rechercher des modifications génétiques communes aux deux ensembles de données.
Une étude identifie 128 biomarqueurs pan-cancéreux
Le premier auteur, Bogumil Kaczkowski, du RIKEN Center for Life Science Technologies au Japon, explique comment l'utilisation des deux ensembles de données différents leur a permis de combiner leurs forces et de compenser leurs faiblesses:
«Les données de TCGA sont compliquées par le fait que les échantillons de tumeurs sont composés d’un mélange de différentes cellules, alors que les données de FANTOM5 CAGE proviennent de cellules cultivées en culture cellulaire où des changements pourraient survenir. trouvé dans les deux, nous avons pu faire un catalogue robuste. "
À partir de l'analyse, l'équipe a identifié 128 biomarqueurs communs aux deux ensembles de données présents dans divers types de tumeurs.
Certains des biomarqueurs sont déjà bien connus, tels que TOP2A et MKI67.
Mais l'étude identifie également un certain nombre de nouveaux marqueurs, y compris des centaines de promoteurs - des parties du génome qui déclenchent l'expression des gènes. Ils ont également constaté qu'un élément répétitif peu connu appelé REP522 semble être régulé positivement dans de nombreux cancers.
Le co-auteur Piero Carninci, également du Centre RIKEN pour les technologies des sciences de la vie et l'un des leaders du consortium FANTOM5, conclut:
"Nous espérons que les chercheurs utiliseront nos résultats pour identifier les marqueurs des nombreux types de cancer qui ne possèdent actuellement aucun marqueur utile. Il pourrait également être possible de cibler les gènes que nous avons identifiés comme cibles potentielles. Ces cibles pourraient potentiellement aider de nombreux patients atteints de cancer. ils sont régulés à la hausse dans de nombreux types de tumeurs. "
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