SARM - Impacts rapides du séquençage du génone entier sur le contrôle des infections

Les chercheurs ont découvert que le séquençage du génome entier peut avoir un impact sur le contrôle des infections et la prise en charge des patients grâce aux données cliniques pertinentes fournies sur la transmission bactérienne. En collaboration avec des chercheurs d'Illumina, des scientifiques du Wellcome Trust Sanger Institute de l'Université de Cambridge ont utilisé le séquençage du génome entier pour déterminer quels isolements de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline faisaient partie d'une épidémie. isoler.
La nouvelle étude, publiée dans New England Journal of Medicine, a démontré que le séquençage du génome entier peut non seulement fournir rapidement des données précises, mais aussi distinguer clairement les isolats de SARM.
L'infection à SARM est un problème majeur de santé publique. Les estimations américaines de 2008 montrent que 15 249 décès ont été attribués à 89 785 infections à SARM invasives. En moyenne, les patients atteints d’infections à SARM passent deux fois plus de temps à l’hôpital que les autres patients pour les mêmes raisons. Des séjours hospitaliers plus longs, en plus des traitements contre ce type d'infections, augmentent le coût des soins de santé.

Afin de mieux contrôler les infections associées aux soins de santé, il est essentiel d'identifier rapidement et avec précision la transmission bactérienne.
Le chercheur principal, le professeur Sharon Peacock, de l'université de Cambridge explique:

"Une des limites importantes de la méthodologie actuelle de lutte contre l’infection est que les méthodes de typage bactériennes disponibles ne permettent pas de distinguer les différentes souches de SARM. Le but de notre étude était de voir si le séquençage complet du SARM pouvait permettre de distinguer les souches apparentées , et si cela informerait et guiderait les enquêtes épidémiologiques. "

Les chercheurs ont basé leur étude sur une épidémie de SARM dans une unité de soins intensifs néonataux déjà terminée, obtenant des échantillons et les séquençant en temps réel. Ils ont découvert que le séquençage du génome entier leur permettait de faire la distinction entre les souches faisant partie de l’épidémie et celles qui ne l’étaient pas. Cela a démontré que l'épidémie aurait pu être identifiée plus rapidement par rapport aux tests cliniques en cours, réduisant ainsi potentiellement la taille de l'épidémie.

Co-chercheur principal, Dr Geoffrey Smith, directeur principal de la recherche chez Illumina a déclaré:

«Cette étude montre comment les progrès du séquençage du génome entier peuvent fournir des informations essentielles pour lutter contre les épidémies dans les délais cliniquement pertinents. Le séquençage étant de plus en plus précis et complet, il peut être utilisé pour répondre à un large éventail de questions. distinguant différentes souches de SARM à l'hôpital, nous avons également pu caractériser rapidement la résistance aux antibiotiques et les gènes de toxines présents dans les isolats cliniques. "

L’équipe a ensuite développé une liste de tous les gènes SARM responsables de la résistance aux antibiotiques pour permettre une identification rapide de la résistance aux souches de SARM, ce qui aidera les professionnels de santé à traiter chaque patient infecté avec le traitement le plus approprié possible. En outre, il fournit un outil puissant pour découvrir de nouveaux mécanismes de résistance aux médicaments.
Le SARM génère diverses toxines uniques pouvant entraîner des syndromes cliniques graves, tels que le choc septique, la pneumonie et les infections compliquées de la peau et des tissus mous. Les chercheurs ont développé une liste de gènes de toxines pour identifier rapidement ces gènes présents dans les souches de SARM. À l'heure actuelle, ces toxines ne peuvent être identifiées qu'avec de multiples essais dans des laboratoires de référence.
Le principal auteur, le Dr Julian Parkhill du Wellcome Trust Sanger Institute, a déclaré:

«Il est important de distinguer les souches pour la gestion du contrôle des infections. Il est essentiel d’agir rapidement pour lutter contre une épidémie présumée, mais il est tout aussi important d’identifier les souches non apparentées pour prévenir les fermetures de salles inutiles et autres mesures de contrôle perturbatrices. Nous avons trouvé cette méthode imprécise: nous avons identifié deux souches de SARM qui semblaient être identiques en utilisant une méthode de détection des épidémies. méthodes actuelles, étaient génétiquement très différentes. "

En fin de compte, l'utilisation du séquençage du génome entier fera partie des soins de santé de routine et ces résultats ont contribué au séquençage du génome entier dans la lutte contre le SARM et d'autres épidémies en milieu hospitalier.
Le professeur Peacock a conclu: "L'étape suivante consiste à développer des outils interactifs qui fournissent une interprétation automatisée de la séquence du génome et fournissent aux professionnels de la santé des informations cliniquement significatives, une avancée nécessaire avant de pouvoir les intégrer à la pratique clinique."
Écrit par Petra Rattue