Diagnostiquer les mutations génétiques - Virtual Tool, Pyromaker, montre des promesses

Le diagnostic du cancer et la sélection du traitement le plus approprié peuvent être facilités en identifiant les mutations génétiques par séquençage de l'ADN. Les méthodes de test actuelles pour les échantillons d'ADN, le séquençage de Sanger et le pyroséquençage peuvent parfois produire des résultats complexes difficiles à interpréter, mais des scientifiques de la faculté de médecine de l'Université Johns Hopkins ont développé identifier de telles mutations génétiques complexes.
Pyromaker, une application Web, produit des pyrogrammes simulés basés sur les entrées de l'utilisateur. Les pyrogrammes présentent diverses fonctions, y compris le pourcentage de cellules tumorales et normales, la séquence de type sauvage, l'ordre de dispensation et un nombre quelconque de séquences mutantes. Le programme calcule les pourcentages d'allèle relatifs mutants et de type sauvage à partir desquels il génère le signal attendu à chaque point de la séquence de distribution. Le résultat est une trace virtuelle du pyrogramme attendu.
Pyromaker a été validé par rapport à des pyrogrammes réels contenant des mutations communes dans le gène KRAS, qui jouent un rôle important dans la pathogenèse de plusieurs tumeurs différentes. En comparaison avec les programmes actuels, les pyrogrammes virtuels étaient quantitativement identiques pour toutes les mutations testées.
Les chercheurs ont ensuite démontré que toutes les mutations simples et complexes des codons 12 et 13 produisent des programmes uniques. Certaines mutations complexes ont cependant été difficiles à distinguer des mutations de bases simples, ce qui suggère que des mutations complexes pourraient être sous-déclarées. Les chercheurs ont travaillé avec deux pyrogrammes complexes difficiles à interpréter au début. Afin de résoudre ce problème, ils ont élaboré cinq stratégies: la reconstitution itérative des mutations de Pyromaker, le séquençage Sanger seul, le test d'hypothèse avec Pyromaker, l'analyse des courbes de fusion et le clonage TA avec séquençage Sanger.
James R. Eshleman, MD, Ph.D., professeur de pathologie et d'oncologie, directeur associé du laboratoire de diagnostic moléculaire de la faculté de médecine de l'université Johns Hopkins, auteur principal de l'étude, explique: «Les tests d'hypothèses dirigés par l'utilisateur permettent de générer des traces qui peuvent être comparées aux données réelles pour clarifier les résultats ambigus du pyroséquençage et de la méthode Sanger. Alternativement, Pyromaker peut tester rapidement et efficacement les possibilités qui peuvent expliquer un résultat compliqué de polysequençage. " Les deux méthodes ont permis d'identifier les mutations complexes.
Bien que le clonage et le séquençage de l’AT offrent également une interprétation sans équivoque, l’approche présente divers inconvénients car elle demande beaucoup de travail et peut retarder la notification, le risque de contamination plasmidique du laboratoire.
Dr. Eshleman conclut:

"Bien que le séquençage par pyroséquençage et le séquençage de Sanger soient des outils puissants pour résoudre la plupart des mutations, pour certains cas complexes, aucun d'entre eux ne suffit à fournir une interprétation définitive. Des méthodes supplémentaires telles que l'analyse Pyromaker ou le clonage la variante allèle Pyromaker est disponible gratuitement en ligne et accessible depuis n'importe quel ordinateur avec accès à Internet. L'analyse itérative de Pyromaker est la méthode la moins coûteuse et la plus rapide pour résoudre ces cas. "

Pyromaker a été mis à disposition gratuitement ici.
Écrit par Petra Rattue